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Loretta Sebastiani

Loretta Sebastiani

Genetica dei procarioti. Parte 2

Questa pagina è dedicata alla genetica dei procarioti e in particolare all'espressione genica e alla ricombinazione genica. È preceduta da un'altra pagina in cui viene esaminato il genoma batterico in tutti i suoi elementi e in cui viene analizzata la replicazione del DNA con i debiti confronti con l'analogo fenomeno negli eucarioti.

La presentazione che segue è suddivisa in varie sezioni.
Dopo aver ricordato cos'è un gene e aver esaminato il genoma del ceppo K-12 di Escherichia coli (con un rapido riferimento anche ai profagi criptici) si chiarisce il concetto di geni essenziali, geni costitutivi e geni regolati, essenziale per comprendere al meglio la regolazione genica.

La descrizione della sintesi proteica nei batteri nelle sue due fasi, trascrizione e traduzione, è un passaggio indispensabile perché nei procarioti la regolazione genica avviene soprattutto durante la trascrizione. Anche in questo caso vengono segnalate tutte le differenze tra procarioti ed eucarioti (ben 10) in tutti i passaggi della sintesi proteica.

Anche la regolazione genica viene affrontata con un continuo confronto tra procarioti ed eucarioti. È l'occasione per esporre i meccanismi con cui gli eucarioti controllano l'espressione dei loro geni e di fare riferimento alle ultime categorie di RNA su cui si stanno conducendo numerosi studi, i miRNA e i siRNA.

L'ultima sezione è dedicata alla ricombinazione genica nei procarioti. Vengono prese in considerazione trasformazione, coniugazione e trasduzione.

Visto che queste presentazioni sono pensate come lezioni per gli studenti degli ultimi anni degli istituti superiori e anche come materiale di ricerca, per ogni argomento si mettono in evidenza le applicazioni in campo sanitario per cercare di stimolare la curiosità. Viene anche indicato il bersaglio molecolare di alcuni antibiotici per far capire l'importanza della conoscenza di questi argomenti dal punto di vista pratico.

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RNA polimerasi batterica di Escherichia coli K-12
Fig. 1 - RNA polimerasi batterica

  1. Introduzione

    Esplora le fondamenta della genetica procariotica, con un focus su espressione genica, regolazione e ricombinazione, offrendo un ponte con studi precedenti sul DNA batterico.

    • Genetica dei procarioti:

      continuità con la parte prima, focalizzata su espressione genica, regolazione e ricombinazione.

      Approfondisce la genetica procariotica collegandosi a studi precedenti sul DNA batterico, con un focus su nuovi aspetti di espressione e regolazione genica.

    • Definizione di "batterio":

       per indicare genericamente un procariote.

      Usa il termine "batterio" genericamente per riferirsi ai procarioti semplificando la discussione senza sacrificare la precisione scientifica quando si parla di Batteri e Archeobatteri.

  2. I geni nei procarioti

    Approfondimento sul ruolo e la varietà dei geni nei procarioti, inclusi geni essenziali e regolati, con particolare attenzione alle peculiarità di E. coli.

    • Definizione di gene:

      evoluzione del concetto da "un gene-un enzima" a "un gene-un polipeptide" o "un gene-un RNA non coinvolto nella sintesi proteica".

      Cosa definisce un gene nei procarioti: Illustra la definizione di gene, evidenziando l'evoluzione del concetto da un gene per enzima a un gene per polipeptide o RNA funzionale.

    • Quantità e tipologie di geni:

      parassiti, vita libera, e archaea.

      Diversità e ruolo dei geni procariotici: Esplora la varietà genica nei procarioti, distinguendo tra geni essenziali, costitutivi e regolati, e sottolineando l'importanza di questa diversità per la funzione cellulare.

    • Geni di E. coli:

      dimensione del cromosoma, numero di proteine codificate, operoni per RNA ribosomiale, geni per RNA di trasporto.

      Genoma di E. coli come modello: Analizza il genoma di E. coli, fornendo dati sul numero di geni e sulle loro funzioni, e mette in evidenza la densità genica e la presenza di elementi mobili nel DNA.

    • Geni essenziali vs geni costitutivi e regolati

      Elementi genetici mobili in E. coli: Esplora la presenza e il ruolo di elementi mobili come trasposoni e profagi criptici nel genoma di E. coli, sottolineando la loro influenza sull'evoluzione e sull'adattabilità batterica.

  3. Dal gene al prodotto genico

    Una guida dettagliata su trascrizione e traduzione nei procarioti, evidenziando le differenze chiave rispetto agli eucarioti e sottolineando l'importanza della RNA polimerasi e del fattore sigma.

    • Sintesi proteica:

      trascrizione e traduzione nei procarioti, differenze rispetto agli eucarioti.

      Dettagli sulla sintesi proteica nei procarioti: Confronta i processi di trascrizione e traduzione tra procarioti ed eucarioti, enfatizzando le unicità procariotiche.

    • Trascrizione:

      dettagli sul processo, differenze tra procarioti ed eucarioti, fasi della trascrizione, ruolo della RNA polimerasi e del fattore sigma.

      Ruolo chiave della RNA polimerasi e del fattore sigma: Sottolinea l'importanza della RNA polimerasi e del fattore sigma nella trascrizione procariotica, dettagliando il loro funzionamento.

    • Traduzione:

      processo nei procarioti, siti attivi dei ribosomi, ruolo dei tRNA, fasi dell'inizio, allungamento e terminazione, differenze con gli eucarioti.

      Fasi della trascrizione nei procarioti: Dettaglia le fasi di inizio, allungamento e terminazione della trascrizione nei procarioti, evidenziando le specificità di questo processo rispetto agli eucarioti.

  4. La regolazione genica

    Analisi comparativa tra i meccanismi di regolazione genica nei procarioti ed eucarioti, con esempi pratici come l'operone lac e l'operone triptofano in E. coli.

    • Confronto tra regolazione genica nei procarioti e negli eucarioti

      inclusi i concetti di operone e di controllo per induzione o repressione.

      Regolazione genica e suo impatto: Discute l'importanza della regolazione genica nei procarioti per l'adattamento ambientale e il risparmio energetico.

    • Esempi specifici come l'operone lac e l'operone triptofano in E. coli

      inclusi meccanismi e significati biotecnologici.

      Esempi di operoni in E. coli: Fornisce insight sugli operoni lac e triptofano di E. coli come esempi di meccanismi di regolazione genica procariotica.

  5. La ricombinazione genica nei procarioti

    Panoramica sulle strategie di scambio genico nei procarioti, come trasformazione e coniugazione, e loro rilevanza evolutiva e biotecnologica.

    • Modalità di scambio genico nei procarioti:

      trasformazione, coniugazione, e trasduzione.

      Meccanismi di ricombinazione genica nei procarioti: Descrive come i procarioti scambiano materiale genetico attraverso trasformazione e coniugazione, contribuendo alla diversità genetica e all'adattabilità.

    • Dettagli sui processi di trasformazione e coniugazione

      inclusi meccanismi e implicazioni.

      Coniugazione batterica come via di scambio genico: Descrive il processo di coniugazione, mettendo in luce come il DNA venga trasferito direttamente da una cellula donatrice a una ricevente, promuovendo la variabilità genetica tra i procarioti.

Fig. 1 - RNA polimerasi batterica di Escherichia coli K-12
https://www.rcsb.org/structure/7MKP